Inkerin kirkko on ajautunut tiukkaan taloudelliseen tilanteeseen. Kirkolta on muun muassa peruttu jo luvattuja tukia yllättäen, eikä taloutta ole ehditty sopeuttaa muutoksiin. Säästötoimenpiteet koskevat keskushallintoa ja Teologista Instituuttia.
Menoja on karsittu lähinnä keskuskanslian henkilöstökuluista, mikä on vaikuttanut muun muassa lapsi- ja nuorisotyöhön. Tuloja pyritään kasvattamaan vuokraamalla kirkon omistamia tiloja Pietarissa ja lisäksi Keltossa Instituutin käyttämistä rakennuksista. Asiasta kertoi Inkerin kirkko -lehti.