Paavi Franciscus näyttää suhtautuvan edeltäjäänsä paavi Benedictusta sovinnollisemmin homoseksuaaleihin. Franciscuksen mielestä homoseksuaalit on saatava osaksi yhteiskuntaa, heitä ei pidä jättää ulkopuolelle.
– Jos joku on homo ja etsii Jumalaa hyvällä tahdolla, mikä minä olen häntä tuomitsemaan, paavi kommentoi toimittajille paluulennolla Brasiliasta Roomaan.
Paavi Franciscus kuitenkin toisti kirkon kannan, jonka mukaan homoseksuaaliset teot ovat syntiä. Ongelmana hän pitää homoseksuaalisuuden ”lobbaamista”.
Paavi Fanciscus olisi myös edeltäjästään poiketen valmis vihkimään homoseksuaaleiksi tunnustautuvia miehiä katolisen kirkon palvelukseen papeiksi, jos he ovat valmiita sitoutumaan selibaattiin. Homoseksuaalisuuden harjoittamista ei paavi katolisen kirkon papeilta hyväksyisi.
Paavi kommentoi myös naisten asemaa katolisessa kirkossa. Naispappeus on ehdottoman kiellettyä. Sen sijaan naisille pitäisi paavin mielestä antaa kirkossa muutoin suurempi rooli.